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Prácticamente desde el inicio de la epidemia la infección VIH en los niños ha constituido una constante preocupación por su transcendencia social y sus repercusiones. El primer caso de infección VIH documentada en niños se remite a 1.982.
El diagnóstico de la infección por el VIH-1 en los recién nacidos y niños menores de dos años tiene características propias determinadas en gran parte por la posibilidad de transmisión pasiva de los anticuerpos maternos, que dificulta conocer con las pruebas de cribado rutinarias si realmente el niño está infectado, y los potenciales efectos indeseables que acompañan a la terapia antirretroviral. Actualmente el diagnóstico de la infección VIH en los niños comprende una combinación de pruebas como las determinaciones seriadas de anticuerpos y detección de antígeno del VIH que son asequibles a la mayoría de los laboratorios mientras que otras como el cultivo del virus o detección de ácido nucleicos son realizadas en laboratorios más especializados o centros de referencia.

Otro de los hechos que van a caracterizar la positividad de las pruebas es el momento evolutivo del embarazo en el que se ha adquirido la infección. Alrededor del 30% de los casos se producen intrauterinamente en cualquier momento de la gestación (infección prenatal o intrauterina) pero la gran mayoría, alrededor del 70%, se adquieren en el mismo momento del nacimiento en el parto y solo muy pocos casos se adquieren después del nacimiento (lactancia, etc.). En el primer caso va a ser posible detectar el VIH más precozmente que en el resto si bien no siempre es así por la posibilidad de quiescencia del virus en las células infectadas. Reviste importancia pues conocer que una sola determinación negativa en niños recién nacidos o con pocos días de vida no tiene valor para descartar la infección y que una detección positiva en muestras tomadas en los primeros momentos de la vida pueden revertir a la negatividad por la presencia de un inóculo viral materno que no ha infectado al niño .

En los recién nacidos y niños pequeños suele ser un problema la obtención de volúmenes adecuados de muestra para el estudio por lo que desde un primer momento es deseable que la muestra obtenida sea sangre total recogida en un tubo con EDTA lo que va a permitir realizar cualquiera de los métodos señalados (el anticoagulante no debe ser heparina por sus interferencias con las técnicas de PCR).

La detección de anticuerpos específicos por pruebas de EIA o WB aportan pocos datos sobre la infección de los recién nacidos ya que las IgG maternas pasan a través de la placenta y se pueden mantener en el niño hasta los 18 meses de vida. La persistencia, aumento de la intensidad o aparición de nuevas bandas en el WB a través del análisis seriado en el tiempo de las muestras puede objetivar la infección del hijo, sin embargo no es útil si el fin es establecer un diagnóstico precoz para instaurar la terapia. Otros tipos a anticuerpos como la IgM o la IgA específicas al VIH no atraviesan la barrera placentaria y su presencia se puede considerar diagnóstica; sin embargo la sensibilidad de las pruebas EIA disponibles es escasa, en torno al 10% al nacer y al 50% hacia los seis meses de vida.

La detección de la antigenemia p24 reviste en los niños los mismos problemas que en los adultos: poca sensibilidad de los EIA y presencia de antígeno solo en determinadas fases evolutivas probablemente por su fijación en inmunocomplejos con su anticuerpo. Aunque realizada de forma rutinaria en los neonatos su sensibilidad es menor del 20% al nacer y un poco más alta a partir de los 3 meses; sin embargo ya que refleja la detección directa del virus, su positividad, en ausencia de errores técnicos, es un signo inequívoco de infección vertical.

En la actualidad se consideran métodos diagnósticos más recomendables el cultivo viral (o cocultivo a partir de líquidos acelulares) y las técnicas de biología molecular como la PCR. Ésta se considera como la técnica más ventajosa en el diagnóstico de la infección perinatal. Con ella más del 50% de los casos de menores de 1 mes se pueden detectar porcentaje que se eleva entre el 75-90% en niños con edades entre 1 y 3 meses; a partir de esa edad prácticamente más del 95% de los casos pueden ser diagnosticados por PCR.

En ausencia de datos concluyentes de las pruebas diagnósticas de laboratorio, o en caso de no tener acceso a ellas,  se debe valorar la presencia de manifestaciones clínicas en especial de infecciones oportunistas. En niños menores de 15 meses con anticuerpos específicos la presencia de esplenomegalia, hepatomegalia, linfoadenopatia o infiltrados pulmonares pueden sugerir la infección VIH.