No se sabe con absoluta certeza.

¿ Es una mutación ? Una mutación habría ocasionado el aumento del poder patógeno del virus; la mutación simultánea de dos virus (VIH 1 y VIH 2) con códigos genéticos algo lejanos es difícil de aceptar.

¿ Ha sido producido artificialmente por el hombre ? Los primeros casos de SIDA se han encontrado por los años setenta; en esta época probablemente no se podían realizar manipulaciones genéticas.

Queda la hipótesis de que un virus circunscrito en un lugar aislado se hubiese diseminado como consecuencia de los cambios de vida (viajes internacionales, liberalización sexual, acceso generalizado a las transfusiones sanguíneas, uso compartido de agujas y jeringuillas) y, quizás, se hubiese vuelto más activo.

El VIH 1 es probable que provenga del chimpancé y podría haber existido hace largo tiempo en poblaciones humanas que lo toleraban relativamente bien. El VIH 2 es un pariente próximo del virus de los monos africanos. El VIH 2 causa también SIDA pero su transmisión es más difícil y causa la enfermedad con menor frecuencia y menor rapidez que el VIH 1.